知识产权质押合同纠纷本质上属于合同纠纷，因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。合同的双方当事人可以在书面合同中协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地人民法院管辖，但不得违反《民事诉讼法》及有关司法解释关于级别管辖和专属管辖的规定。

在适用本案由时，要注意其与质押合同纠纷的区别。知识产权质押合同属于权利质押合同，是质押合同的一种，所以，理论上来说，不属于知识产权的质押合同，都可算作质押合同纠纷。

实践中应当注意的是，《物权法》第227条对以知识产权中的财产权出质的权利质权设立问题和出质人处分知识产权问题进行了限制，即以注册商标专用权、专利权、著作权等知识产权中的财产权出质的，当事人应当订立书面合同。质权自有关主管部门办理出质登记时设立。还有，知识产权中的财产权出质后，出质人不得转让或者许可他人使用，但经出质人与质权人协商同意的除外。出质人转让或者许可他人使用出质的知识产权中的财产权所得价款，应当向质权人提前清偿债务或者提存。