第一，关于国投公司上诉主张一审鉴定超期的问题。一审鉴定意见确实超出了一审法院司法鉴定委托书上要求的30个工作日的期限，也超过了《司法鉴定协议书》约定的60个工作日的期限，且无鉴定期限延长的相关材料。第二，关于国投公司上诉称鉴定材料未经质证的问题。根据庭审笔录，双方当事人应认定一审法院组织了双方当事人进行质证。第三，关于《鉴定意见书》未出具《征求意见稿》和《征询意见函》的问题。法律并未规定不发出征求意见稿和征求意见函，需重新鉴定，且未出具征求意见稿和征求意见函并不当然影响鉴定结果。第四，关于鉴定人数问题。根据《司法鉴定程序通则》第十九条规定的规定，司法鉴定机构对同一鉴定事项，应当指定或者选择二名司法鉴定人共同进行鉴定，并无必须由3人及以上奇数鉴定人员组成合议组的规定，故一审鉴定人数合法。第五，关于《鉴定意见书》鉴定人资格问题。鉴定人杨某的《司法鉴定人执业证》已被注销，杨某又无注册造价工程师资质，其已不具备鉴定人资质。第六，关于鉴定人员出庭的问题。根据《民事诉讼法》第七十八条规定，经人民法院通知，鉴定人拒不出庭作证的，鉴定意见不得作为认定事实的根据。因一审法院未通知鉴定人出庭作证，因此不存在经人民法院通知，鉴定人拒不出庭作证的情形。综上所述，鉴定机构存在无正当理由超出鉴定期限的问题，鉴定意见书亦存在不正确的情形，且一审鉴定时的鉴定人之一杨某已不具备鉴定资质，应当重新鉴定。