因抵押合同的客体是债务人或第三人提供的不转移占有的不动产或特定的动产，故因船舶抵押合同纠纷提起的诉讼，由担保物所在地、船籍港作者在第、被告住所地海事法院管辖。

在适用本案由时，要注意其与抵押权的权属纠纷的区别。抵押合同属于物权变动的原因关系，是债权性质的合同关系，而抵押权涉及的权属则是物权变动结果意义上的法律关系，也就是说若是对船舶抵押合同的订立履行、变更和终止而提起的诉讼，才应该立船舶抵押合同纠纷案由。

   我国《海商法》中的船舶抵押权与《物权法》中的抵押权概念基本一致，而我国《海商法》中并未对船舶抵押合同作出专门规定，因此有关船舶抵押合同的纠纷，应该适用《合同法》总则和《物权法》的相关规定。

作为抵押标的的船舶应是实际存在的月具有足够担保的价值已经沉没或者失踪、发生了其他实际全损或推定全损的船舶上均不能设定抵押权，在已设有抵押权的船舶上再设抵押权时需审查该船上是否存在可提供担保的剩余价值，否则押权之受偿顺序在后，所余船价如果不足再设抵押权的担保时成不足额担保甚至致抵押权落空的情况。